AEI ERANET COFUND eskemak jarraitzen dituzten Europako Batzordeak kofinantzatutako Europako programa ugariren gobernu-organoen parte da, 185. art., 187. art. (koordinazio-sareak, nazioz gaindiko proiektuen deialdiak abiarazteko tresna osatzen dutenak), funtsean, finantza-erakunde gisa parte hartuz.

Partzuergo hauetan AEIren ordezkarien eginkizun nagusia da deialdi transnazionalen gaiak definitzea SECTIren lehentasun eta beharren arabera, bai eta, ahal den neurrian, estatuko eskakizun eta prozedurak eta nazioarte mailan bateratzea sustatzea.

AEIk 50 deialdi bateratu baino gehiagotan parte hartu du Horizonte 2020ren esparruan, besteak beste, osasuna, bioekonomia, materialen, informazioaren zientzien, ingurumen zientzien, energia eta gizarte zientzien eta humanitateen arloetan, 500 proiektu baino gehiago ikerketa finantzatuz.

2018az geroztik, AEIk Espainiako taldeak finantzatu ditu I+G+B proiektuaren "Nazioarteko Programazio Bateratua" tresnarekin, zeina, 2020az geroztik, emakida-ebazpen zuzen batean datzana, 23/ Errege Lege Dekretuaren azken hirugarren xedapenaren arabera. 2020ko ekainaren 23a.

Agentziak programa ezberdinetako baterako programetan parte hartzeak, zuzenean edo zeharka, urtean 5 milioi euro inguruko itzulera sortzen du SECTI guztira.

AEIk Espainiako taldeak finantzatzen ditu Nazioarteko Lankidetza Proiektuak (PCI) tresnarekin. 2020az geroztik, zuzeneko emakida-ebazpenean datza tresna, ekainaren 23ko 23/2020 Errege Lege Dekretuaren azken hirugarren xedapenaren arabera. PCIren aurreko tresnak Nazioarteko Programazio Bateratuaren deialdiak ziren.

PCI aplikazioa urtean hainbat aldiz irekitzen da nazioarteko deien emaitzen jarraipena egiteko.