La AEI forma parte de los órganos de gobierno de un gran número de programas europeos cofinanciados por la Comisión Europea que siguen los esquemas ERANET COFUND, Art. 185, Art. 187 (redes de coordinación, que constituyen el instrumento para lanzar convocatorias transnacionales de proyectos), participando básicamente como organismo financiador.

La principal misión de los representantes de la AEI en estos consorcios es definir las temáticas de las convocatorias transnacionales de acuerdo con las prioridades y necesidades del SECTI, así como promover, en la medida de lo posible, la alineación de los requisitos y procedimientos nacionales e internacionales.

La AEI ha participado en más de 50 convocatorias conjuntas en el marco de Horizonte 2020, en los ámbitos de salud, bioeconomía, materiales, ciencias de la información, ciencias medioambientales, energía y ciencias sociales y humanidades, entre otros, financiando más de 500 proyectos de investigación.

Desde 2018, la AEI financia a los grupos españoles con el instrumento Proyectos de I+D+i "Programación Conjunta Internacional" que, desde 2020, consiste en una resolución de concesión directa, de acuerdo con la disposición final tercera del Real Decreto-ley 23/2020, de 23 de junio.

La participación de la Agencia en programas conjuntos de diversos esquemas genera directa o indirectamente un retorno al SECTI en su conjunto en torno a los 5 millones de euros anuales.

La AEI financia a los grupos españoles con el instrumento Proyectos Colaboración Internacional (PCI). Desde 2020, el instrumento consiste en una resolución de concesión directa, de acuerdo con la disposición final tercera del Real Decreto-ley 23/2020, de 23 de junio. Las herramientas anteriores a PCI fueron las convocatorias de Programación Conjunta Internacional.

La aplicación de solicitud de PCI se abre varias veces al año con el fin de acompasar los resultados de las convocatorias internacionales.