La Agencia, en el ámbito de sus competencias, forma parte de diversos programas, consorcios e iniciativas de programación conjunta, a nivel europeo e internacional, estando representada en sus órganos de gobierno.

El objetivo de estas iniciativas es promover la colaboración internacional en materia de investigación científica y, en el caso de las iniciativas europeas, su objetivo fundamental es el fortalecimiento del Espacio Europeo de Investigación (ERA, por sus siglas en inglés).

Gracias a su adhesión a estas iniciativas, la Agencia financia anualmente a un importante número de grupos españoles que forman parte de proyectos colaborativos entre varios países y en diversas áreas científico-técnicas. Algunas de estas iniciativas están enmarcadas en el esquema ERA-NET COFUND y cuentan con cofinanciación de la Unión Europea a través del Programa Marco de Investigación e Innovación Horizonte 2020.

El lanzamiento del nuevo Programa Marco Horizonte Europa (2021-2027) ha sufrido retrasos por la pandemia. Horizonte Europa trae consigo nuevas modalidades de participación (los así llamados partenariados o asociaciones) en los que la Agencia está trabajando activamente junto con el Ministerio de Ciencia e Innovación, para ayudar a conseguir los objetivos de internacionalización del Sistema Español de Ciencia, Tecnología e Innovación (SECTI), reflejados en las Estrategias Españolas de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación y en los sucesivos Planes Estatales que las desarrollan.