L'Agència, en l'àmbit de les seves competències, forma part de diversos programes, consorcis i iniciatives de programació conjunta, a nivell europeu i internacional, i està representada als seus òrgans de govern.

L'objectiu d'aquestes iniciatives és promoure la col·laboració internacional en matèria de recerca científica i, en el cas de les iniciatives europees, l'objectiu fonamental és l'enfortiment de l'Espai Europeu de Recerca (ERA, per les sigles en anglès).

Gràcies a la seva adhesió a aquestes iniciatives, l'Agència finança anualment un important nombre de grups espanyols que formen part de projectes col·laboratius entre diversos països i en diverses àrees cientificotècniques. Algunes d'aquestes iniciatives estan emmarcades a l'esquema ERA-NET COFUND i compten amb cofinançament de la Unió Europea a través del Programa Marc de Recerca i Innovació Horitzó 2020.

El llançament del nou Programa Marc Horitzó Europa (2021-2027) ha patit retards per la pandèmia. Horitzó Europa comporta noves modalitats de participació (els així anomenats partenariats o associacions) en què l'Agència està treballant activament juntament amb el Ministeri de Ciència i Innovació, per ajudar a assolir els objectius d'internacionalització del Sistema Espanyol de Ciència, Tecnologia i Innovació (SECTI), reflectits a les Estratègies Espanyoles de la Ciència, la Tecnologia i la Innovació i en els successius Plans Estatals que les desenvolupen.