L'Agència, en l'àmbit de les seves competències, forma part de diversos programes, consorcis i iniciatives de programació conjunta, a nivell europeu i internacional, estant representada en els seus òrgans de govern.

L'objectiu d'aquestes iniciatives és promoure la col·laboració internacional en matèria d'investigació científica i, en el cas de les iniciatives europees, el seu objectiu fonamental és l'enfortiment de l'Espai Europeu de Recerca (ERA, per les sigles en anglès).

Gràcies a la seva adhesió a aquestes iniciatives, l'Agència finança anualment a un important nombre de grups espanyols que formen part de projectes col·laboratius entre diversos països i en diverses àrees cientificotècniques. Algunes d'aquestes iniciatives estan emmarcades en l'esquema ERA-NET COFUND i compten amb cofinançament de la Unió Europea a través de el Programa Marc de Recerca i Innovació Horitzó 2020.

El llançament de el nou Programa Marc Horitzó Europa (2021-2027) sofreix diversos mesos de retard i està previst per a juny de 2021. Horitzó Europa portarà amb si noves modalitats de participació (els així anomenats partenariats o associacions) en els quals l'Agència està treballant activament juntament amb el Ministeri de Ciència i Innovació, per ajudar a aconseguir els objectius d'internacionalització de el Sistema Espanyol de Ciència, Tecnologia i Innovació (SECTI), reflectits en les Estratègies Espanyoles de la Ciència, la Tecnologia i la Innovació i en els successius plans estatals que les desenvolupen.

L'AEI forma part dels òrgans de govern d'un gran nombre de programes europeus cofinançats per la Comissió Europea que segueixen els esquemes ERANET COFUND, Art. 185, Art. 187 (xarxes de coordinació, que constitueixen l'instrument per llançar convocatòries transnacionals de projectes), participant bàsicament com a organisme finançador.

La principal missió dels representants de l'AEI en aquests consorcis és definir les temàtiques de les convocatòries transnacionals d'acord amb les prioritats i necessitats de l'SECTI, així com promoure, en la mesura del possible, l'alineació dels requisits i procediments nacionals i internacionals.

L'AEI ha participat en més de 50 convocatòries conjuntes en el marc d'Horitzó 2020, en els àmbits de salut, bioeconomia, materials, ciències de la informació, ciències mediambientals, energia i ciències socials i humanitats, entre d'altres, finançant més de 500 projectes de recerca.

Des de 2018, l'AEI finança els grups espanyols amb l'instrument Projectes d'R+D+I "Programació Conjunta Internacional" que, des de 2020, consisteix en una resolució de concessió directa, d'acord amb la disposició final tercera de el Reial Decret-llei 23/2020, de 23 de juny.

L'aplicació de sol·licitud s'obre una o dues vegades a l'any per tal de compassar els resultats de les convocatòries internacionals.

Fins 2017 la convocatòria era coneguda com Accions de Programació Conjunta Internacional.

La participació de l'Agència en programes conjunts de diversos esquemes genera directament o indirectament un retorn a l'SECTI en el seu conjunt al voltant dels 5 milions d'euros anuals.

En el marc de les iniciatives anteriors i altres iniciatives ja acabades, en els últims anys, l'Agència Estatal de Recerca ha finançat més de xxx projectes col·laboratius amb molts països europeus i de fora d'Europa.

En el següent enllaç pot trobar un quadre de comandaments que li permet explorar el tipus de projectes, les àrees, els beneficiaris i els països amb què es col·labora.

Enllaç a l'dashboard

1. GPC-ERAC: Grup d'Alt Nivell de l'Espai Europeu de Recerca (ERA, per les sigles en anglès) per a la definició de la Programació Conjunta. Creat pel Consell Europeu i la Comissió Europea. La AEI participa en aquest grup juntament amb el CDTI.
2. Grup de Programació Conjunta: Creat el 2016 per recomanació del full de ruta espanyola cap a l'Espai Europeu d'Investigació (ERA, per les sigles en anglès). L'AEI ostenta la coordinació de el Grup constituït per representants de la pròpia AEI, de CDTI, ISCIII, INIA, FECYT i amb participació de el Ministeri de Ciència i Innovació.
3. JPI WATER: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre aigua. La AEI participa al consell de govern i en el consell executiu. L'AEI a més coordina un dels projectes europeus amb cofinançament de la UE, WaterWorks 2014.
4. JPI OCEANS: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre oceans. La AEI participa com a país associat.
5. JPI CLIMA: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb l'observació de l'clima. La AEI participa com a país associat.
6. JPI CULTURAL HERITAGE: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la recerca en patrimoni cultural europeu. La AEI participa com a país associat.
7. JPI HDHL: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb dieta i vida saludable. La AEI participa en els seus òrgans de govern al costat de l'ISCIII.
8. JPI MYBL: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre envelliment. La AEI participa al consell de govern al costat de l'ISCIII.
9. JPI AMR: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb investigació sobre resistència antimicrobiana. La AEI participa en els seus òrgans de govern al costat de l'ISCIII.
10. JPND: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre l'Alzheimer i altres malalties neurodegeneratives. El CDTI participa en els seus òrgans de govern al costat de l'ISCIII. L'AEI manté una posició de seguiment.
11. JPI URBAN: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la recerca a la gestió global de les ciutats, inclou aspectes socials i de sostenibilitat. La AEI participa com a observador.
12. JTI ECSEL-JU: Empresa comuna de recerca sobre nano electrònica i sistemes integrats. La AEI participa en els grups d'agències finançadores i de definició d'àrees estratègiques al costat de la Secretaria d'Estat de Digitalització i Intel·ligència Artificial (SEDIA-MAETD).
    A Horitzó Europa, el testimoni de ECSEL serà pres per la nova empresa comuna Key Digital Technologies (KDT JU), sota l'art. 187 de l'TFUE. L'AEI participa des 2020 a la definició de el programa KDT juntament amb la SEDIA. L'AEI finançarà la participació d'entitats acadèmiques, mentre que la SEDIA finançarà la participació de el sector privat.

El 2018 l'AEI i l'Institut de Salut Carlos III van signar un conveni tripartit de col·laboració amb la National Science Foundation dels EUA (NSF), dins el programa sobre Neurociència Computacional CRCNS. Aquest és un programa molt competitiu en què únicament participen quatre països, a més d'Espanya i els EUA: Japó, França, Alemanya i Israel.

• Programa CRCNS. Acord de col·laboració amb els Estats Units sobre neurociència computacional, signat per la National Science Foundation (NSF), els National Institutes of Health (NIH) i el Department of Energy (DOE) dels Estats Units i per l'Agència Estatal d' investigació i l'Institut de Salut Carlos III, per part d'Espanya.

• CYTED. Programa de Ciència i Tecnologia per al desenvolupament, creat pels governs dels països iberoamericans per promoure la cooperació en temes de ciència, tecnologia i innovació per al desenvolupament harmònic d'Iberoamèrica.

• EU-CELAC Interest Group. Compost per 28 agències de finançament de l'Amèrica Llatina, el Carib i Europa que desitgin col·laborar en ciència, tecnologia i innovació biregionals (CTI), i la implementació de l'Espai Comú d'Investigació UE-CELAC a través d'accions conjuntes.

• European Interest Group (EIG ) Concert Japan. És una iniciativa conjunta internacional per donar suport i millorar la cooperació en ciència, tecnologia i innovació (CTI) entre els països europeus i el Japó.