La AEI cofinancia sus actividadades con fondos de la Unión Europea. Tradicionalmente se han venido usando fondos FEDER y Fondo Social Europeo (FSE). El objetivo de estos Fondos Estructurales y de Inversión Europeos (Fondos EIE) es promover la competitividad y la convergencia de todos los territorios y son un instrumento esencial para hacer frente a los principales retos de desarrollo de España y en la aplicación de la Estrategia Europa 2020. La Agencia Estatal de Investigación ha sido designada Organismo Intermedio para la gestión de actuaciones cofinanciadas con FEDER y FSE en el ámbito de sus competencias. 

La crisis sanitaria derivada de la pandemia de la COVID-19 puso en marcha el Plan de Recuperación, Transición y Resiliencia (PRTR), financiado con el Mecanismo de Recuperación y Resiliencia (Recovery and Resilience Facility, RRF) de la Unión Europea. La AEI ejecuta fondos del PRTR directamente, y los aplica a convocatorias de los años 2020 a 2023. Estos cuatro años pertenecen a dos Plan Estatales de Investigación Científica y Técnica y de Innovación (PEICTI 2017-2020 y PEICTI 2021-2023). 

En las siguientes secciones se presentan detalles sobre la en uso en la AEI de estos tres tipos de fondos europeos, se aporta información sobre la lucha antifraude y se aporta información de contacto en relación con estos fondos.