L'AEI cofinança les seves activitats amb fons de la Unió Europea. Tradicionalment s'han utilitzat fons FEDER i Fons Social Europeu (FSE). L'objectiu d'aquests Fons Estructurals i d'Inversió Europeus (Fons EIE) és promoure la competitivitat i la convergència de tots els territoris i són un instrument essencial per fer front als reptes principals de desenvolupament d'Espanya ia l'aplicació de l'Estratègia Europa 2020. L'Agència Estatal de Recerca ha estat designada Organisme Intermedi per a la gestió d'actuacions cofinançades amb FEDER i FSE en l'àmbit de les seves competències.

La crisi sanitària derivada de la pandèmia de la COVID-19 va posar en marxa el Pla de Recuperació, Transició i Resiliència (PRTR), finançat amb el Mecanisme de Recuperació i Resiliència (Recovery and Resilience Facility, RRF) de la Unió Europea. L'AEI executa fons del PRTR directament, i els aplica a convocatòries dels anys 2020 al 2023. Aquests quatre anys pertanyen a dos Pla Estatals de Recerca Científica i Tècnica i d'Innovació (PEICTI 2017-2020 i PEICTI 2021-2023).

A les següents seccions es presenten detalls sobre la utilització en l'AEI d'aquests tres tipus de fons europeus, s'aporta informació sobre la lluita antifrau i s'aporta informació de contacte en relació amb aquests fons.