La seva selecció es realitza segons el procediment aprovat pel Consell Rector de l'AEI el dia 19 d'abril de 2021, elaborat amb l'assessorament i el vistiplau del Comitè Científic: Protocol d'elecció de col·laboradors

Depenent de la seva responsabilitat i funcions, aquests col·laboradors poden ser de tres tipus: presidents, coordinadors o gestors. En general:

• El/la President/a ho és d'una Àrea Cientificotècnica. Per això requerirà una visió general de l'ACT, dels grups i investigadors espanyols que s'hi dediquen, del seu lideratge respecte d'altres països del nostre entorn, de les tendències, les necessitats de recursos i de la distribució institucional i geogràfica.
• El/la Coordinador/a ho és d'una Subàrea Cientificotècnica o subàmbit de l'àrea. Reportant a la presidència de la seva ACT, coordinarà l'elaboració d'informes d'avaluació i de seguiment, la selecció d'experts, el desenvolupament de les comissions, l'anàlisi i la resolució d'al·legacions, incidències i altres tràmits relacionats amb les activitats finançades.
• El/la Gestor/a forma part de l'equip de col·laboradors d'un subàmbit o Subàrea Cientificotècnica. Reportant la Coordinació de la seva subàrea, els gestors són responsables -juntament amb la coordinació mateixa- d'elaborar informes d'avaluació i seguiment, seleccionar experts, participar en comissions, analitzar i resoldre al·legacions, incidències i altres tràmits relacionats amb les activitats finançades.

Tal com es descriu al protocol, a la selecció dels nous col·laboradors hi participen el Comitè Científic Tècnic, la Divisió de Coordinació, Avaluació i Seguiment, el personal directiu i la Direcció de l'AEI. El procediment varia segons el tipus de col·laborador/a (president/a, coordinador/a o gestor/a) i segons la seva col·laboració estigui adscrita a la Divisió de Coordinació, Avaluació i Seguiment o no.