AEIk bere jarduerak batera finantzatzen ditu Europar Batasuneko funtsekin. Tradizionalki, FEDER eta Europako Gizarte Funtsaren (FSE) funtsak erabili izan dira. Europako Egitura eta Inbertsio Funts (EIE Funts) hauen helburua lurralde guztien lehiakortasuna eta konbergentzia sustatzea da eta ezinbesteko tresna dira Espainiaren garapen-erronka nagusiei aurre egiteko eta Europa 2020 Estrategiaren aplikazioan Estatuko Ikerketa. Agentzia bere eskumenen esparruan FEDER eta FSErekin batera finantzatutako ekintzak kudeatzeko Bitarteko Organo izendatu dute.

COVID-19 pandemiaren ondoriozko osasun krisiak Susperraldi, Trantsizio eta Erresilientzia Plana (PRTR) jarri zuen abian, Europar Batasuneko Susperraldi eta Erresilientziarako Tresnak (Recovery and Resilience Facility, RRF) finantzatua. AEIk zuzenean exekutatzen ditu PRTR funtsak, eta 2020tik 2023ra bitarteko deialdietan aplikatzen ditu. Lau urte hauek Ikerketa eta Berrikuntza Zientifiko eta Teknikorako bi Estatu Planetakoak dira (PEICTI 2017-2020 eta PEICTI 2021-2023).

Ondoko ataletan Europako hiru funts mota horien erabilerari buruzko xehetasunak azaltzen dira AEIn, iruzurraren aurkako borrokari buruzko informazioa ematen dute eta funts horiei buruzko harremanetarako informazioa ematen dute.