A Axencia, no ámbito das súas competencias, forma parte de diversos programas, consorcios e iniciativas de programación conxunta, a nivel europeo e internacional, estando representados nos seus órganos de goberno.

O obxectivo destas iniciativas é promover a colaboración internacional en investigación científica e, no caso das iniciativas europeas, o seu obxectivo fundamental é o fortalecemento do Espazo Europeo de Investigación (ERA).

Grazas á súa adhesión a estas iniciativas, a Axencia financia anualmente un importante número de colectivos españois que forman parte de proxectos de colaboración entre diversos países e en diversas áreas científico-técnicas. Algunhas destas iniciativas forman parte do esquema ERA-NET COFUND e están cofinanciadas pola Unión Europea a través do Programa Marco de Investigación e Innovación Horizonte 2020.

O lanzamento do novo Programa Marco Horizonte Europa (2021-2027) atrasouse pola pandemia. Horizonte Europa trae consigo novas formas de participación (as denominadas asociacións ou asociacións) nas que a Axencia está a colaborar activamente co Ministerio de Ciencia e Innovación, para contribuír á consecución dos obxectivos de internacionalización do Sistema Español de Ciencia, Tecnoloxía e Innovación. (SECTI), reflectida nas Estratexias Españolas de Ciencia, Tecnoloxía e Innovación e nos sucesivos Plans estatais que as desenvolven.