A AEI cofinancia as súas actividades con fondos da Unión Europea. Tradicionalmente utilizáronse os fondos FEDER e do Fondo Social Europeo (FSE). Estes Fondos Estruturais e de Investimento Europeos (Fondos EIE) teñen como obxectivo promover a competitividade e a converxencia de todos os territorios e constitúen un instrumento imprescindible para afrontar os principais retos de desenvolvemento de España e na aplicación da Estratexia Europa 2020. A Investigación do Estado. A Axencia foi designada Órgano Intermedio para a xestión das actuacións cofinanciadas co FEDER e o FSE no ámbito das súas competencias.

A crise sanitaria derivada da pandemia de COVID-19 puxo en marcha o Plan de Recuperación, Transición e Resiliencia (PRTR), financiado polo Mecanismo de Recuperación e Resiliencia (Recovery and Resilience Facility, RRF) da Unión Europea. A AEI executa os fondos PRTR directamente, e aplícaos ás convocatorias dos anos 2020 a 2023. Estes catro anos pertencen a dous Plans Estatais de Investigación e Innovación Científica e Técnica (PEICTI 2017-2020 e PEICTI 2021-2023).

As seguintes seccións preséntanse detalles sobre o uso destes tres tipos de fondos europeos na AEI, ofrecen información sobre a loita contra a fraude e proporcionan información de contacto en relación con estes fondos.