Presidenta: Raquel Yotti Álvarez.
El Presidente de la Agencia es el titular de la Secretaría General de Investigación. Por lo tanto, no cuenta con una estructura de recursos humanos específicamente adscrita a la AEI.
Conforme al Estatuto de la AEI corresponden al Presidente de la Agencia las siguientes funciones:
- Ostentar la máxima representación institucional y legal de la Agencia, presidir su Consejo Rector y velar por el cumplimiento de su objeto, fines y funciones.
- Convocar las sesiones del Consejo Rector.
- Dirimir con su voto los empates, a efectos de adoptar acuerdos, en el seno del Consejo Rector.
- Presentar al Consejo Rector la memoria anual de actividades de la Agencia.
- Informar a los departamentos ministeriales competentes y a otras instituciones del Estado sobre la ejecución y cumplimiento de los objetivos fijados en el Contrato de gestión de la Agencia.
- Celebrar convenios de colaboración, memorandos de entendimiento, acuerdos de ejecución o instrumentos jurídicos de cualquier otra naturaleza que puedan generar compromisos y obligaciones para la Agencia, sin perjuicio de las delegaciones que, en su caso, se establezcan.
- Instar al titular del Ministerio de Hacienda y Función Pública la autorización de las variaciones presupuestarias que se precisen.
- Proponer al Consejo Rector el nombramiento y cese del director de la Agencia.
- Proponer al Consejo Rector la designación de los miembros de la Comisión de Control.
- Ejercer las demás facultades y funciones que le atribuyan este Estatuto, el Consejo Rector y las disposiciones vigentes.